სამოქალაქო საზოგადოების ინსტიტუტის მისიაა მდგრადი პოზიტიური ცვლილებების ხელშეწყობა, ქვეყანაში უთანასწორობის, მარგინალიზაციისა და სიღარიბის აღმოსაფხვრელად.
სამოქალაქო საზოგადოების ინსტიტუტის მიზნებია:
- სამოქალაქო საზოგადოების განვითარება;
- სამოქალაქო საზოგადოების ორგანიზაციებისათვის ეფექტური საარსებო გარემოს ფორმირება;
- საზოგადოების ცნობიერებისა და სამოქალაქო აქტივობის ზრდა
- დემოკრატიული ღირებულებების დამკვიდრება;
- კანონის უზენაესობის ხელშეწყობა;
- ეფექტური მმართველობისა და მდგრადი ინსტიტუტების ფორმირება;
- ეფექტური საჯარო პოლიტიკის ფორმირება და ადმინისტრირების გაუმჯობესება;
- ადგილობრივი თვითმმართველობის განვითარება;
- მდგრადი ეკონომიკური განვითარების ხელშეწყობა და სიღარიბის დაძლევა.